Le problème de l'avenir des grands oiseaux de proie est sans doute l'un des plus aigus qui se posent dans le domaine de la conservation. Comme la plupart des animaux en danger, les rapaces de forte taille sont menacés par la destruction physique directe et la détérioration rapide de leurs conditions d'existence, deux facteurs qui dépendent de l'attitude des hommes à l'égard de la nature sauvage et dont l'effet est proportionnel au développement démographique.
Dans la péninsule Ibérique, il dut être assez répandu jadis en dehors des zones de haute montagne. Mais sa grande taille et ses m½urs prédatrices, spécialement à l'égard des lapins et des perdrix, le désignaient aux destructions par le fusil et le dénichage. Les collectionneurs furent aussi responsables de son déclin.
D'autre part, les défrichements de grands domaines contribuèrent à diminuer sensiblement l'aire de distribution. Actuellement, l'estimation la plus optimiste est d'une centaine d'individus seulement.
Le gouvernement de l'Espagne a décrété la création d'un vaste parc national englobant environ 350 km². Cet effort considérable, visant à conserver les extraordinaires richesses naturelles du delta assure de meilleures chances de survie à cette race menacée. En effet, si l'aigle impérial, tout comme les autres rapaces, est aujourd'hui totalement protégé par la loi espagnole, cette garantie est encore aléatoire tant que son respect n'est pas entré dans les m½urs. De plus, le maintien de son espace vital et de ses ressources alimentaires est la condition primordiale de son avenir.